Las cuevas acostumbran a ser el refugio de los murciélagos, donde pasan el día y se reproducen.
Aunque normalmente son invertebrados, podemos encontrar en Europa un anfibio que pasa toda su vida en las cuevas, llamado proteo.
Este anfibio es un urodelo, por lo que está emparentado con las salamandras y los tritones.
En América Latina, extensión del planeta mayormente de clima tropical, la fauna cavernícola es mucho más importante que en las zonas de clima templado y pueden verse numerosos ejemplos de anfibios, reptiles y de peces.
Existe una especie de anfibio, que es la rana más grande del Brasil, que vive en las cuevas, la llamada Leptodactylus vastus.
El carácido Astyanax jordani vive en la cuenca del río Pánuco, en México, y se le encuentra en los estanques y cursos de agua subterráneos.
En España, también encontramos animales que viven en las cuevas o las utilizan para refugiarse o criar, como sería el caso del oso pardo, de la comadreja y otros mustélidos, del zorro, así como ciertas aves de presa nocturnas, como el búho real.
Algunas aves rapaces nocturnas pueden criar en las cuevas.
Los animales cavernícolas, o trogloditas, son aquellos que viven en el interior de las cuevas o grutas.
Los animales cavernícolas pueden vivir toda su vida dentro de la cueva o en un determinado momento, por lo que, en función de ello y las circunstancias, reciben estos animales nombres particulares.