Los murciélagos son los animales más representativos de las cuevas, pero no son los únicos.
En la parte más profunda de las cuevas habita una fauna peculiar y muy vulnerable, denominada troglobia, perfectamente adaptada a la vida extrema de este medio subterráneo.
Debido a la ausencia de luz y a la elevada humedad ambiental, los troglobios suelen presentar reducción o pérdida de los ojos, adelgazamiento y despigmentación de la cutícula exterior, alargamiento del cuerpo y de los apéndices y mejora de los órganos sensitivos táctiles y químicos.
La fauna troglobia de una cueva suele contar con especies endémicas, es decir, exclusivas de la cueva, que representan un recurso de gran valor científico.
Entre los troglobios que habitan en la Cueva de Nerja han sido identificados el coleóptero Platyderus speleus, el ortóptero Petaloptila malacitana, el pseudoescorpión Ephippiochthonius nerjaensis, el dipluro Plusiocampa baetica y el isópodo Porcellio narixae.
La Cueva de Nerja constituye el nicho ecológico de un amplio espectro de biofilms que suelen ser poco diversos, con una estructura sencilla y muy sensibles a cambios ambientales.
El equilibrio entre los diferentes grupos de microorganismos que componen la microbiota del medio subterráneo, así como su relación con la propia cueva, condicionan la evolución y conservación de este frágil ecosistema.